他對蔣介石及國民政府遣詞用句之霹靂，接連轟下兩個都是蔣至親的行政院長，有人曾形容這是當年知識分子和買辦階級鬥爭的最高峰。傅斯年曾說，「我擁護政府，不是擁護這般人的既得利益，所以我誓死要和這些敗類搏鬥，才能真正幫助政府」……
傅斯年有強烈「省籍意識」，他直言自己「常常以培養台灣的人才為念」，因為台灣人最有可能留在台大服務。
台灣學生因長年受日本教育，國文、英文較弱，傅斯年第一年讓他們英文加10分，而外省人在台灣高中畢業者則不適用。第一年新生錄取，工學院第一名是外省人，第二、三名都是台灣人，化學系第一名也是台灣人。傅斯年說，「這是我做校長以來最高興的一件事」。這些人即使不加分也會錄取，而因加分錄取的人，約三十人。第二年總分加10.5分，多錄取64人。當然有人反對這種省籍差別，但傅斯年認為眼前「必須認清事實」，加分是讓台灣青年得到相對公平機會，只要台灣高中教育進步了，即可取消。
他也致力協助台大醫院募集台籍人才，「台大醫院是百分之百台灣省人辦的」，「我向我的同事保證，……必須以扶植台灣省人醫學人才為用心」，人事由院長杜聰明決定，傅斯年只推介過一位教授，台灣人，在日本學醫，他問杜聰明此人學問、人品如何，杜院長回答兩個「好」，所以就通過了，但幾位醫師寫信反對，傅斯年說，「我在此地一定想盡方法培植台灣省的人才，然而萬萬不容許把持，休想把持！」
他對青年學人非常重視，「學問上已有萌芽，前途大有希望的，年輕力壯，尤其要多多注意」，他鼓勵「特別是台灣籍的，有機會出去一趟，可因多所接觸引起心中研究的問題」。反之，他對部分大陸來的所謂名教授、老教授，有很辛辣的批評，令人絕倒：「『名』而有實，自然很好；如果『名』只是報紙上多見，各種職員目錄上多見，還是不名的好。『老』而造就出好些好學生，自然好，若果老字的解釋只是教育部或教育廳的二十年或二十五年之說法，或者三年一遷地方，則不老也好」。
當時《中央日報》有一位記者對台大醫院抨擊甚力，而當年醫病關係也時有緊張，甚至病人家屬還會動手，傅斯年一方面讓媒體了解台大醫院千瘡百孔的現狀，那不是短期可解決的，另方面也讓他們看到台大醫院努力進步的痕跡，及有些家屬對護理人員要求不盡合理，譬如，多陪病人聊天。傅斯年以極淺近的例子，讓外界了解台大醫院的能與不能，「若以為我們是個無心肝的組合，實在太冤枉了」，「這些誣枉，使我的同事很灰心」。
台大醫院在二戰時被盟軍炸得很厲害，除了尾部已修不起來，中間炸彈區滿目瘡痍，「下層是水，頂層要打傘」，房間多半沒門，窗戶也幾乎沒有玻璃，他曾為此添購了幾萬塊玻璃，參議會黃議長跟他開玩笑：「你把台北巿的玻璃價提高幾倍了」。此外，一人住院，一家子都來，就在走廊開伙做飯，走廊到處是痰和垃圾，而副院長室也被一家人占居，地下室被商人占著做買賣。
他盡力籌款大修醫院，也曾為了了解醫院問題，自己去掛號就診，有一次還到開刀房閣樓偷看開刀，後來提出了他的觀察建議，其中之一是疑問：為什麼這麼多人不戴手套？他建議派幾人去美國進修，得到的回應是「我們很好了，美國醫學不如日本」。
他要努力溝通說服，但學校沒有可以集合全校師生的大禮堂，他不斷藉由校務會議和校刊說明理念，也鼓勵學生到辦公室找他，或寫信給他，有時他到學生食堂看他們吃飯，有時去福利社，學生圍著他，七嘴八舌像里民大會。
傅斯年是國民黨政府派任到台大的，看看他和蔣介石關係。傅斯年在民國36年曾有一篇知名文章〈這個樣子的宋子文非走開不可〉，痛批當時的行政院長宋子文，認為他的施政讓能看到遠景的人，完全失望，「徹底覺得在『魔鬼和大海之間』，也只有等死而已」。忘掉傅斯年的人，可能也不記得宋子文何許人，他是蔣介石妻舅。宋子文的前任是孔祥熙，他是蔣介石姻親，是蔣夫人的姊夫，也是傅大砲轟下台的。傅認為孔祥熙集團貪汙，他蒐集證據，並有詳細帳目，他怕這些資料被人盜取，隨身攜帶在公事包中。當時蔣介石曾宴請傅斯年，試圖轉圜，蔣問傅是否信任他，傅爽快說：「絕對信任」，蔣說：「那就信任我用的人」，傅答：「因為我信任你，也就該信任你所任用的人，砍掉我的腦袋，我也不能這樣說」，不久，孔祥熙即下台。宋子文繼任，工業政策、黃金政策、人事，無不被詬病，傅斯年直轟，今天政府嚴重問題不在黨派或國際，而在自己，「第一件便是請走宋子文，並且要徹底肅清孔宋二家侵蝕國家的勢力，否則政府必然垮台」，文章見報半個月後，宋子文下台。宋子文辭職當天，傅斯年另一篇文章在雜誌刊出：〈論豪門資本之必須剷除〉。
他對蔣介石及國民政府遣詞用句之霹靂，接連轟下兩個都是蔣至親的行政院長，有人曾形容這是當年知識分子和買辦階級鬥爭的最高峰。傅斯年曾說，「我擁護政府，不是擁護這般人的既得利益，所以我誓死要和這些敗類搏鬥，才能真正幫助政府」。
陳誠在他任台大校長時，極其支持他，台灣財政困窘，時任省主席的陳誠優先給台大150億元修建校舍、購買儀器。但當陳誠接任行政院長組閣時，傅斯年對閣員名單極其不滿，寫了一封嚴厲的信給他，先是謝謝陳誠昨天對他「重拂虎威，不蒙譴責」，可見已痛快淋漓先罵過一輪，但「意猶未盡，再說幾句」，他直言內閣陣容親痛仇快，並點名副閣揆是「政渣、炭渣」，表示不解那人是如何「奉承吾公」，又說以陳誠自信極強，大概不會改變對人好惡，但此職非等閒，陳誠性格，「有時忽其所不當忽」，且據昨天談話，他說陳誠「個人主義，更為顯著」，此內閣實為「兄一人之內閣」，最後一段，他說，「良辰美景已無多」，痛切表達了一個知識分子對國家操危慮患之急迫和沉重。
與其說，他支持蔣介石或國民黨，毋寧說，他是愛國家，怕中國亡，亡在共產黨手上。他曾在給胡適的信中說，「使中共不得勢，只有今日政府不倒，而改進」。他曾去延安訪問，更認清了毛澤東和共產黨的真面目，他在那裡看到一大堆捧毛的旗幟，忍不住譏諷他「堂哉皇哉」，他回來後告訴友人：「毛澤東爭權奪利、假仁假義，絕不配談社會改革」。他認為共產黨的階級鬥爭論只是一種說法，其實，是以階級鬥爭「發揮自己的野心」，他認為「人類的進步是靠愛之一念」，但階級鬥爭論卻把「恨的一念擴大到最大限度」。中國前途不但不可以寄望共產黨，他甚至認為，「我們為保持人類的自尊性」，「我們為人在世界上活著有意思」，都「不能不向蘇共中共拚命反抗」。
他反共的決心有多強？他在中國大陸淪陷前，正在美國治病，人多外逃，他在國外卻堅決返國，「絕不託庇異邦」，共赴國難。他其實是悲觀的，他民國37年11月給友人李田意的信中說，「我對於中國之命運是很看透的」，他所能做的只是每天照常辦公、看書、編稿子，他說自己絕不早跑，但也絕不會讓自己落入共產黨手上，若有萬一，「我自有辦法，絕不受辱」。其他友人憶述，他的「辦法」，是帶著一罐安眠藥，隨時準備一死。
即使到了台灣，韓戰爆發，局勢一度緊張時，他跟祕書那廉君說，自己很鎮定，「必要時一瓶安眠藥做個結束」，他在渡海時即知「余必不返矣」。一個親戚赴美移民，他去送行，友人說，希望早日和他在美相見，傅斯年正色以告，「我要留在台灣，絕不去美國」。
傅斯年很重視貧富不均，他以一己之力儘量補上那個缺口，他在台大校長任內，不斷為貧生爭福利，直到倒在省參議會為止，而他自己窮得在去世前一天還在趕稿，想靠稿費做一條禦寒的棉褲，他告訴太太「我冷得受不了」。傅夫人俞大綵在他去世近三十年第一次寫紀念文，說他常約見有才華的學生談話，有一次，發現一人有深度近視卻未戴眼鏡，問他原因，學生沉默以對；傅斯年去世後不久，劉瑞恆（哈佛醫學博士，曾在大陸任衛生部長）送來一副眼鏡，竟是傅請他替那位學生在香港訂製的。屈萬里說，傅斯年也常替窮朋友想辦法，甚至為了幫助友人，不惜賣自己的愛書。中研院史語所遷台後，一度傳薪水發不出，陳槃轉述傅斯年信中的話，若有同人斷糧，他也絕不吃飯，幸而各方設法，安然解決了。
共產黨講階級鬥爭，宣揚的是階級矛盾，傅斯年眼中全無階級。很多人都認識台大司機楊先生，因為友人若要請傅斯年吃飯，他都說，「你要連我司機一道請啊，你不請他可不行」，楊先生也是他公餘之暇的棋友，屢屢贏他。傅斯年病故多年之後，楊先生去世，俞大綵還親往弔唁。傅斯年忙得要命，仍抽空教他家的小門房讀英文，鼓勵他去讀夜校。在那個年代，他即重視性別平等，他在台大時發現女生很少，希望這現象能改善，即使女生少，他也要蓋女生宿舍，否則女生就學更不便。
傅斯年猝逝，台大學生很激動，近兩百人趕去省參議會，在外面舉布條：「我們的心頭，就是您的墳墓」，「校長，您不要走，不要走」，「校長，回頭來瞧我們」。
台大當年請到的這位校長，11歲讀完十三經，人稱天才，後稱學霸，他有比人更深厚的傳統底子，卻提倡白話文，主張「容人文學」；他主修文史，重視科學，去英、德讀書時，廣涉心理學、物理、化學，甚至醫學，對數學尤感興趣。他在內亂外患的烽火之中，在經費拮据之下，擘畫創辦中研院史語所，支持規畫殷墟之發掘15次，法國漢學家伯希和在哈佛300周年校慶時演講，盛讚殷墟「是近年來全亞洲最重大的考古發掘。中國學者一下子獲得了耶穌降生前一千年中國歷史的大量可靠材料」。那個工程之龐大艱鉅，若非他的「膽大心細」，及親自去河南跟當地反彈的學者溝通，中國信史恐不易這樣往前推了幾百年，並受世界矚目。
傅斯年本來可以只做學術中人，但是，一如他對自己個性的了解，「在不自覺之間，常在多管閒事」，他對政治社會極為不滿，心冷之餘，很想放手，頗思遁入學問，「偏又不能忘此生民」。若當年他只做學問，或不致55歲即病逝。
傅斯年大去後，政府想請胡適繼任台大校長，但他認為「我沒有孟真的才能。他那樣才大心細，尚不免以身殉校」，堅決辭謝。胡適在他去世後兩年替他的文集作序，其中一段約兩百字，一口氣用了14個「最」字形容傅斯年：
「孟真是人間一個最稀有的天才。他的記憶力最強，理解力也最強，他能做最細密的繡花針工夫，他又有最大膽的大刀闊斧本領。他是最能做學問的學人，同時他又是最能辦事，最有組織才幹的天生領袖人物。他的情感是最有熱力的，……同時他又是最溫柔，最富於理智，最有條理的一個可愛可親的人。這都是人世最難得合併在一個人身上的才性，而我們的孟真確能一身兼有這些最難兼有的品性與才能。」
台大幸甚。我重回傅園，在「傅校長斯年之墓」前，畢恭畢敬行了三鞠躬禮，第一次。（下）
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